Không chỉ giao chiến với Quân đội Nhân dân Việt Nam, Quân lực Việt Nam Cộng hòa cũng từng tham gia tranh chấp một số hòn đảo với Vương quốc Campuchia, Philippines, Đài Loan và Trung Quốc. Trong các tranh chấp này, Việt Nam Cộng hòa đã để mất quần đảo Hoàng Sa, một số đảo thuộc quần đảo Trường Sa và một số đảo nhỏ gần đảo Phú Quốc vào tay các nước khác:

• Năm 1956, Đài Loan điều tàu đến đảo Ba Bình (là đảo lớn nhất thuộc quần đảo Trường Sa) khi đó thuộc quyền quản lý của Việt Nam Cộng hòa. Nhân dịp lễ Song Thập 10/10 của Trung Hoa Dân Quốc (tức Đài Loan), Tổng thống Ngô Đình Diệm đã ra lệnh cho quân rút khỏi đảo Ba Bình, Đài Loan giành quyền kiểm soát đảo mà không cần phải nổ súng.[27])[28]
• Những năm 1956–1966, Hải lực Việt Nam Cộng hòa đã để mất 6 hòn đảo nằm giữa đảo Phú Quốc và nội địa Campuchia vào tay quân đội Vương quốc Campuchia. Đó là các đảo: Hòn Năng Trong và Hòn Năng Ngoài (tiếng Pháp lần lượt là "Ile du Milieu" và "Ile à l’Eau", còn được gọi là đảo Phú Dự) bị Campuchia đánh chiếm năm 1956; đảo Hòn Tai (Ile du Pic) bị chiếm năm 1958; Hòn Kiến Vàng (Ile des Fourmis) và Hòn Keo Ngựa (Ile du Cheval) bị chiếm năm 1960; đảo Hòn Trọc (đảo Wai hay Poulo Wai, thực tế là gồm 2 đảo nằm liền kề nhau) bị chiếm mất năm 1966. Tổng diện tích các đảo bị mất khoảng 30 km², lớn nhất là đảo Phú Dự rộng khoảng 25 km².
• Năm 1970, Philppines đã tổ chức chiếm giữ đảo Song Tử Đông, đảo Thị Tứ, đảo Loại Ta và 4 đảo nữa từ tay Việt Nam Cộng hòa. Theo như Đại tá về hưu hải quân Philippines Domingo Tucay Jr kể lại thì các đảo, bãi khi đó hoàn toàn hoang vắng, Philippines chiếm đóng dễ dàng. Chỉ khi tới đảo Song Tử Tây, họ mới thấy quân đội của Việt Nam Cộng hòa đóng ở đây. Quân Phillipines báo về sở chỉ huy, được chỉ thị cứ để mặc quân Việt Nam Cộng hòa. Lính Việt nam Cộng hòa ở đảo Song Tử Tây cũng để yên để cho quân Philippines hành động. Sau chiến dịch, Philippines chiếm được 6 đảo nổi và bãi đã mà không cần phải nổ súng, trong đó Thị Tứ là đảo lớn thứ nhì, Bến Lạc (Đảo Dừa) là đảo lớn thứ ba, Song Tử Đông là đảo lớn thứ năm ở quần đảo Trường Sa. Philippines giữ các đảo và bãi này từ đó đến nay. Sau vụ chiếm đóng, Chính phủ Việt Nam Cộng hòa cũng không hề lên tiếng gì về vụ chiếm đóng đó. Theo như lời Tucay kể lại, nhiều tháng sau khi Philippines chiếm đóng 7 đảo ở quần đảo Trường Sa, các nước khác mới biết vụ việc này[29][30].
• Năm 1974, trong Hải chiến Hoàng Sa, Quân lực Việt Nam Cộng hòa thất bại và mất toàn bộ Quần đảo Hoàng Sa vào tay Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa.